VARNA: plot 2D structure with reactivity data


Command line tools: java and VARNAv3-93.jar (downloadable at VARNA)


Aim:

WESTERLIES

Data:

RNA sequence and 2D structure:

AACCCUUAAACUAAAACAGCUCUGGGGUUGUACCCACCCCAGAGGCCCACGUGGCGGCUAGUACUCCGGUAUUGCGGUACCCUUGUACGCCUGUUUUAGUU
((...))...((((((((.(((((((((.......)))))))))(((.....)))(((..((((...((((......))))...)))))))))))))))..

Reactivity for each nucleotide:

0.7 0.8 0.2 1.0 1.0 1.0 0.0 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 0.5 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 1.0 0.5 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.5 1.0 1.0 0.5 1.0 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 1.0 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 1.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5

Command:

viridis color map

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grey-yellow-red color map

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